中国医学科学院（下称医科院）成立于1956年，是我国唯一的国家级医学科学学术中心和综合性科学研究机构。 中国协和医科大学（下称协和医大）是我国唯一的设有8年制临床医学专业的重点医科大学其前身是"北京协和医学院"，由美国洛克菲勒基金会于1917年创办。
协和医大受国家教育部和卫生部双重领导，与医科院实行院校合一的管理体制，医科院为协和医大提供雄厚的师资和技术力量，协和医大为医科院培养高层次的人才，相互依托，优势互补，教研相长。院校设有18个研究所（以及2个分所）、５所分院、7所临床医院（含与北京市共建的天坛医院）、5所学院、以及研究生院和实验动物学部。协和医大的办学宗旨是小规模、高层次、高质量，为国家培养优秀医学家、科学家、医学教育家，中国一流，国际著名的研究型医科大学。
学校图书馆藏书丰富、历史悠久，目前藏书量超过86万册，为教学、科研和医疗工作提供了宝贵的资料。学校师资力量雄厚，拥有一大批在医学卫生领域内经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的著名专家、教授。现有中国科学院院士10人和中国工程院院士15人（其中1人兼两院院士），国家级和部委级有突出贡献的中青年专家62人(其中1人兼任国家级和部委级的突贡专家)，教育部"长江学者奖励计划"特聘教授5人，博士生导师296人，硕士生导师532人。学校有8个国家级重点学科点，17个院校级重点学科点，３个国家级重点实验室，５个部委级重点实验室，13个国家级重点科学研究基地，4个一级学科的博士后流动站，９个世界卫生组织合作中心。学校的科学研究成绩显著，1956年至2000年全院校共通过科技成果鉴定1，647项，获国家级成果奖188项，部委级成果奖738项，院校级成果奖732项。
学校研究生教育始于1954年，文革时期曾一度中止。1978年学校恢复研究生教育，自1981年国家实行学位制度以来，学校研究生教育有了较快的发展。经国务院批准，学校于1986年试办研究生院，1996年正式成立研究生院，是全国首批具有博士学位和硕士学位授予权的单位。经国务院学位委员会批准，自1993年开始学校可自行审批硕士学位授予学科专业点，1994年开始可自行审批博士生导师。现有博士学位授权学科专业点30个，硕士学位授权学科专业点39个。研究生的培养方式分为以实验室科学研究能力训练为主的科学学位和以临床实际工作能力训练为主的专业学位两类，可分别授予医学博士、理学博士（哲学博士）、工学博士、医学硕士、理学硕士、工学硕士、管理学硕士等学位。
协和医大是我国最早进行大学本科护理教育的地方，自1921年创办高级护理系至1952年停办期间培养了一大批高级护理人才，她们都先后成为我国护理界的领导和中坚力量。1985年学校又成立了护理系，恢复大学本科护理教育。1995年10月经卫生部批准，我校建立了全国首家护理学院，并设立护理硕士学位学科点，招收护理硕士学位研究生，旨在培养高层次护理人才，与世界护理教育接轨。现学校的护理教育门类齐全，包括研究生教育，大学本科、专科教育等。经卫生部同意，国家教育部批准，在国外基金的资助下，我校对护理学专业教育进行了教学改革，将本科教育修业年限由原来的5年改为4年，并增设了3年制专科教育项目，改革了护理教育的课程模式，扩大了招生规模，旨在为国家培养更多高层次、高质量、适合医学科学发展的护理人才。 学校的基础医学院成立于1978年12月。基础所学科门类齐全，共有15个学系，以承担国家医学基础理论研究和培养医、护本科生和高层次医学科研人员为主要任务。近十年来在"攀登计划"、"863计划"、"八五攻关项目"、"九五攻关项目"、国家自然科学基金、卫生部基金等重大、重点科研项目等方面获重大科技成果奖已逾百项。目前，基础所正在进一步深化改革，组建基础医学科研与教学的国家队，争取在21世纪初成为我国第一流的基础医学研究基地，学术交流基地，高级医学专门人才培养基地和高新医学技术成果开发研究基地。
学校的临床医学院－北京协和医院，是协和医大8年制临床医学专业学生的实习基地，技术力量雄厚，学术水平高，共有31个临床和医技科室，70多个研究实验室。医院设立了11个中外合作研究中心，全院每年承担国家级和部委级科研项目100余项。协和医院是闻名国内外的集医疗、教学和科研为一体的综合性医院，为国家卫生部指定的"全国疑难病症技术指导中心"之一，日门诊量超过4，000人次，年住院人数达25，000余人次，并承担着大量的外宾和高干医疗保健任务。该院保存有数百万份病案，是总结临床经验和从事医学科学研究的无价之宝。新病房楼建成后，使病床总数超过1，100张，临床医学研究规模相应扩大，教学系统更趋完善。
为了不断提高教学水平，使教学工作做到"三个面向"，学校十分重视国际学术交流和科技合作，与数十个国家（或地区）的医学院校和科研机构建立了科研、教育、医疗合作关系， 许多教师被派出或应邀到各国参加国际学术会议、讲学或进修学习，同时学校也接待了大批来访外国专家和学者，其中有近600名国外专家学者被授予协和医大名誉教授或客座教授称号。诺贝尔物理学奖获得者，美国麻省理工学院物理学系教授丁肇中先生就是其中的一位。经国务院学位委员会批准，协和医大分别授予马尔他共和国文森特.塔博恩总统和美国中华医学基金会董事会主席布坎南名誉医学博士学位。自1985年以来，学校相继与美国哈佛大学医学院、澳大利亚西澳大学医学院、美国加州大学旧金山分校医学院香港中文大学医学院、香港大学医学院及澳门镜湖护理学院签订了校际交流的协议，根据协议彼此交换高年级学生到对方学校进行短期临床学习。为加强国际间的交流，扩大我校在国际上的影响。经国家教委批准，1993年起学校可自行接收政府计划外自费留学生，现有美国、加拿大、印度尼西亚、英国等国家的留学生在校学习。1997年起又获准可招收台湾、香港、澳门地区学生来校学习。
学校本部座落在首都的繁华中心区-王府井，离天安门只有一箭之遥，环境优雅，是一座有典型中国风格的建筑，属北京市文物保护单位。目前学校已建成由研究生、本科生、专科生教育以及成人继续教育组成的多层次的医学教育体系。数十年来已为国家培养了一大批具有真才实学、医风严谨、医德高尚、医术精湛、诲人不倦的医学科学家和医学教育学家，对我国医学教育和医学科学事业的进步和发展起着积极的推动作用，在国内外享有很高的声誉。
